|
|
Vliv chromatinu na opravu dvouvláknových zlomů DNA po štěpení CRISPR/Cas a dalších programovatelných nukleáz u rostlin
Trojan, Jakub ; Přibylová, Adéla (vedoucí práce) ; Procházková, Klára (oponent)
Rostliny mají velkou odolnost vůči ionizujícímu záření i díky kvalitnímu opravnému aparátu na opravu dvouvláknových zlomů. Dvouvláknové zlomy jsou v rostlinách opravovány čtyřmi hlavními drahami. Nejčastěji probíhá rychlá oprava pomocí nehomologního spojování konců (NHEJ), spojující konce DNA bez většího zpracování. Přesnější, zato pomalejší a složitější, je oprava prostřednictvím homologní rekombinace (HR) využívající k opravě dlouhé úseky homologního řetězce DNA. Využívaná je přednostně v oblasti aktivních genů během S a G2 fáze buněčného cyklu. Opravy probíhají dále skrze Theta zprostředkované spojování konců (TMEJ) a single strand annealing (SSA). Obě tyto dráhy jsou řízené kratší homologií mezi konci DNA vytvořenými dvouvláknovým zlomem. Často opomíjenou součástí oprav je i překonávání represivních vlastností chromatinu, který chrání genom před poškozením a přístupem nukleáz, ale zároveň brání i přístupu opravných proteinů. Tato práce shrnuje dosavadní znalosti o opravách DNA u rostlin a vlivu chromatinu ne pouze na ně, ale i na aktivitu programovatelných nukleáz využívaných v genovém inženýrství, jako jsou zinc finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALEN) a clustered regularly interspaced short palindromic repeats / CRISPR associated (CRISPR/Cas). Klíčová...
|
|
|
Epigenetic regulation of DQB1 gene in patients with type 1 diabetes mellitus
Gécová, Dominika ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Úvod: Diabetes mellitus 1. typu je multifaktoriálne autoimunitné ochorenie spôsobené postupnou deštrukciou beta buniek Langerhansových ostrovčekov pankreasu. Z genetického hľadiska tvoria podstatnú časť predispozície (40 - 50%) gény HLA II. triedy, ktorých molekuly prezentujú exogénne peptidy CD4+ T lymfocytom. Faktory prostredia hrajú taktiež dôležitú úlohu v etiopatogenéze T1DM. Jedným zo spôsobov komunikácie prostredia s genotypom je epigenetická regulácia vo forme metylácie DNA. Stupeň metylácie v regulačných oblastiach týchto génov môže výrazne ovplyvňovať úroveň expresie. Cieľ: Cieľom diplomovej práce bolo určiť metylačný stav jednotlivých alel HLA-DQB1 u pacientov s diabetes mellitus 1. typu a stanoviť ich expresiu. Metódy: Pacientom bol určený genotyp HLA II. triedy (HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1) pomocou sekvenčne špecifických primerov. DNA bola ošetrená bisulfitom a amplifikovaná regulačná oblasť génu HLA-DQB1 a zaklonovaná do baktérií E.coli DH5α/XL1-Blue. Po overení boli pozitívne klony zaslané na sekvenáciu a výsledky podrobené analýze. RNA bola prepísaná do cDNA pomocou reverznej transkripcie a úroveň expresie bola určená pomocou kvantitatívnej PCR. Výsledky: Štatisticky významné rozdiely boli nájdené v celkovej metylácii alel DQB1*0201 a *0302 v úseku B. V jednotlivých metylačných...
|
|
|
Epignetic Modifications of the Sperm and the Application in Clinical Practice of Human Assisted Reproduction Therapy
Štiavnická, Miriama ; Nevoral, Jan (vedoucí práce) ; Kloudová, Soňa (oponent) ; Vašíček, Jaromír (oponent)
Základ zdravého embryonálního vývoje je položen už v průběhu gametogeneze. V současné době, v souladu s nárůstem procenta párů, které nemohu počít dítě přirozenou cestou, centra asistované reprodukce zaznamenávají svůj rozmach. Právě proto, porozumění biologie gamet a toho, co předávají embryu, je klíčem k léčbě neplodných párů a cestou k zdravému embryonálnímu vývoji. Proto se tato studie zaměřuje na epigenetický kód gamet, s prediktivním potenciálem, a na faktory, které epigenetický kód utváří. V souladu s předpokladem, že jsou vybrané molekulární faktory použitelné jako markéry kvality, byl studován vliv environmentálního polutantu bisfenolu S (BPS) na kvalitu zárodečných buněk a spermií s cílem identifikovat markery kvality gamet, použitelné pro screening spermií a jejich selekci pro účely asistované reprodukce. Pro dosáhnutí daných cílů byly použity vzorky lidských spermií, zárodečné buňky experimentálních myší kmene ICR a kančí spermie. Vzorky byly podrobeny analýzám pomocí průtokové cytometrie, immunocytochemie a western blotu. Experimentální práce byla schválena Etickou komisí FN Plzeň, resp. probíhala v souladu se schváleným projektem pokusu na experimentálních zvířatech. Studie provedená na lidských spermiích detekovala metylovaný histon H3 na lysinu K4 (H3K4me2) jako potencionální...
|
|
|
Epigenetic regulation of DQB1 gene in patients with type 1 diabetes mellitus
Gécová, Dominika ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Úvod: Diabetes mellitus 1. typu je multifaktoriálne autoimunitné ochorenie spôsobené postupnou deštrukciou beta buniek Langerhansových ostrovčekov pankreasu. Z genetického hľadiska tvoria podstatnú časť predispozície (40 - 50%) gény HLA II. triedy, ktorých molekuly prezentujú exogénne peptidy CD4+ T lymfocytom. Faktory prostredia hrajú taktiež dôležitú úlohu v etiopatogenéze T1DM. Jedným zo spôsobov komunikácie prostredia s genotypom je epigenetická regulácia vo forme metylácie DNA. Stupeň metylácie v regulačných oblastiach týchto génov môže výrazne ovplyvňovať úroveň expresie. Cieľ: Cieľom diplomovej práce bolo určiť metylačný stav jednotlivých alel HLA-DQB1 u pacientov s diabetes mellitus 1. typu a stanoviť ich expresiu. Metódy: Pacientom bol určený genotyp HLA II. triedy (HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1) pomocou sekvenčne špecifických primerov. DNA bola ošetrená bisulfitom a amplifikovaná regulačná oblasť génu HLA-DQB1 a zaklonovaná do baktérií E.coli DH5α/XL1-Blue. Po overení boli pozitívne klony zaslané na sekvenáciu a výsledky podrobené analýze. RNA bola prepísaná do cDNA pomocou reverznej transkripcie a úroveň expresie bola určená pomocou kvantitatívnej PCR. Výsledky: Štatisticky významné rozdiely boli nájdené v celkovej metylácii alel DQB1*0201 a *0302 v úseku B. V jednotlivých metylačných...
|
host ::
RSS.